ആഗസ്റ്റ് 25നാണ് കേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഇന്ദ്രാണി മുഖര്‍ജി അറസ്റ്റിലായത്. ഇതുവരെ വ്യക്തമായി ഒന്നും പറയാത്ത ഇന്ദ്രാണി പോലീസിനോട് സഹകരിക്കാനും തയ്യാറായിരുന്നില്ല. പീറ്ററിന്റെ മൊഴിയും ഇന്ദ്രാണിയുടെ മൊഴിയും തമ്മിലുള്ള വൈരുദ്ധ്യങ്ങള്‍ പോലീസ് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയതോടെ ഇന്ദ്രാണി അന്വേഷണത്തോട് സഹകരിക്കാന്‍ നിര്‍ബന്ധിതയാവുകയായിരുന്നു.
മുന്‍ ഭര്‍ത്താവ് സഞ്ജീവ് ഖന്നയുമായി ചേര്‍ന്ന് ഷീനയെ വധിക്കാന്‍ പദ്ധതിയിട്ടതായി ഇന്ദ്രാണി സമ്മതിച്ചു. സഞ്ജീവിനു വിമാനടിക്കറ്റ് അയച്ചുകൊടുത്തതും വോര്‍ലിയില്‍ അദ്ദേഹത്തിനുവേണ്ടി മുറി ബുക്കുചെയ്തതും താനാണെന്ന് ഇന്ദ്രാണി സമ്മതിച്ചു. എന്നാല്‍ ഷീന ബോറയെ കഴുത്തുഞെരിച്ചു കൊന്നെന്ന ആരോപണം ഇന്ദ്രാണി നിഷേധിച്ചു.
പോലീസിനു ഇന്ദ്രാണി നല്‍കിയ മൊഴിക്ക് നിയമപരമായി മൂല്യമില്ലെങ്കിലും ഇന്ദ്രാണിയ്‌ക്കെതിരെ കൂടുതല്‍ തെളിവുകള്‍ ശേഖരിക്കാന്‍ മുംബൈ പോലീസിനു ഇതു സഹായകരമാകുമെന്നാണ് പോലീസ് ഉറവിടങ്ങള്‍ പറയുന്നത്.
കേസില്‍ പ്രധാന ഗൂഢാലോചന നടത്തിയത് ഇന്ദ്രാണിയാണ്. സഞ്ജീവ് ഖന്നയും ഡ്രൈവര്‍ ശ്യാംവാര്‍ റായിയും കൂട്ടുപ്രതികളാണ്. ഇവര്‍ ഇരുവരുമാണ് 2012 ഏപ്രില്‍ 24ന് കാറില്‍വെച്ച് ഷീനയെ കഴുത്തുഞെരിച്ചു കൊന്നതെന്നാണ് പോലീസ് സംശയിക്കുന്നത്. ഷീനയുടെ മൃതദേഹം കത്തിച്ചതും പിന്നീട് അത് റെയ്ഗാഡ് ജില്ലയിലെ വനമേഖലയില്‍ അടക്കം ചെയ്തതും ഇവരാണെന്നാണ് പോലീസ് പറയുന്നത്.
ഇന്ദ്രാണി മുഖര്‍ജിയെയും പീറ്റര്‍മുഖര്‍ജിയെയും വ്യാഴാഴ്ച വെവ്വേറെ ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു.