നേരത്തെ ജഡ്ജി നിയമന വിവാദത്തെ തുടര്‍ന്ന് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ഹാജരാകുന്ന കേസുകളില്‍ ഹാജരാകില്ലെന്ന് ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യം വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു. പിന്മാറ്റത്തിനു പിന്നില്‍ വ്യക്തിപരമായ കാരണങ്ങളാണെന്നാണ് റിപ്പോര്‍ട്ട്.
ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യത്തിന് നിയമത്തേക്കാള്‍ വലുത് ദൈവമാണെന്ന ഐ.ബി റിപ്പോര്‍ട്ട് പുറത്തുവന്നിരുന്നു. പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്ര സ്വത്ത് കൊള്ള കണ്ടെത്താന്‍ സാധിച്ചത് ദൈവിക വെളിപാടിനെ തുടര്‍ന്നാണെന്ന് അമിക്കസ് ക്യൂറി റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യം എഴുതിയിരുന്നു. ഇക്കാര്യം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി സുബ്രഹ്മണ്യം ആത്മീയ നിഗമനം അനുസരിച്ച് വിധിയെഴുതുന്നയാളെന്നായിരുന്നു ഐ.ബി റിപ്പോര്‍ട്ട്.
നിക്ഷിപ്ത താല്‍പര്യങ്ങള്‍ വച്ച് തന്നെ വ്യക്തിഹത്യ നടത്തുകായാണെന്നും ക്ഷേത്രത്തിന്റെ അമിക്കസ്‌ക്യൂറിയായി തുടരുന്ന കാര്യം പുനഃപരിശോധിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹം നേരത്തെ അറിയിച്ചിരുന്നു.
നേരത്തെ ക്ഷേത്രവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട്‌കൊണ്ട് ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യം നടത്തിയ കണ്ടെത്തലുകള്‍ സുപ്രീംകോടതി അംഗീകരിച്ചിരുന്നു. മൂന്നു ഭാഗങ്ങളടങ്ങിയ റിപ്പോര്‍ട്ടുകളാണ് സുബ്രഹ്മണ്യം കോടതിയില്‍ ഹാജരാക്കിയത്. പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രഭരണത്തില്‍ രാജകുടുംബം ഇടപെടരുതന്നും ക്ഷേത്രഭരണത്തില്‍ ഗുരുതരവീഴ്ച്ചകളുണ്ടായിട്ടുണ്ടെന്നും അമിക്കസ്‌ക്യൂറി റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. പൊതുസ്വത്തിയ ക്ഷേത്രസ്വത്തുക്കള്‍ രാജകുടുംബം സ്വാകാര്യസ്വത്ത് പോലെയാണ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതെന്നും റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പറയുന്നു. റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ വാദം കേട്ട സുപ്രീംകോടതി നടപടികള്‍ കൈക്കൊള്ളാന്‍ ഉത്തരവിട്ടിരുന്നു.
സി.ബി.ഐയുടെയും ഐ.ബിയുടെയും റിപ്പോര്‍ട്ടുകള്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി കേന്ദ്രസര്‍ക്കാര്‍ നേരത്തെ ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യത്തിനെതിരെ ആരോപണം ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. ഗോപാല്‍ സുബ്രഹ്മണ്യം പിന്മാറിയ സാഹചര്യത്തില്‍ അമിക്കസ്‌ക്യൂറി റിപ്പോര്‍ട്ട് തള്ളിക്കണയമെന്ന് ആവശ്യമുയരുന്നുണ്ട്.