തിരുവനന്തപുരം സി.ബി.ഐ പ്രത്യേക കോടതിയിലാണ് വിചാരണ നടക്കുന്നത്. 2009 ല്‍ കുറ്റപത്രം സമര്‍പ്പിച്ച കേസില്‍ പത്ത് വര്‍ഷത്തിനു ശേഷമാണ് വിചാരണ ആരംഭിക്കുന്നത്. കേസിലെ പ്രതികള്‍ വിചാരണ തടയണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചിരുന്ന സാഹചര്യത്തില്‍ നടപടികള്‍ നിരന്തരമായി മാറ്റിവയ്ക്കുകയായിരുന്നു.
എന്നാല്‍ ഹര്‍ജികള്‍ ഹൈക്കോടതിക്ക് പിന്നാലെ സുപ്രീം കോടതിയും നിരസിച്ചതോടെയാണ് പ്രതികള്‍ക്കെതിരെ കുറ്റം ചുമത്തിയത്. ഫാ.തോമസ് എം കോട്ടൂര്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരാണ് കേസിലെ പ്രതികള്‍. രണ്ടാം പ്രതി ഫാ ജോസ് പൂതൃക്കയില്‍, ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് മുന്‍ എസ് പി, കെ ടി മൈക്കിള്‍ എന്നിവരെ നേരത്തെ കുറ്റവിമുക്തരാക്കിയിരുന്നു.
1992 മാര്‍ച്ച് 27 ന് കോട്ടയം പയസ് ടെന്റ് കോണ്‍വെന്റിലെ കിണറ്റില്‍ ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തിലാണ് സിസ്റ്റര്‍ അഭയയെ മരിച്ച നിലയില്‍ കണ്ടെത്തിയത്. ലോക്കല്‍ പൊലീസ് 17 ദിവസവും ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഒമ്പതര മാസവും അന്വേഷണം നടത്തി അവസാനിപ്പിച്ച കേസ് 1993 ലാണ് സിബിഐ ഏറ്റെടുത്തത്.
